一、资金沉淀
由于第三方支付平台对客户在商业银行的账户收付款存在时间差，在一段时间之内，交易资金将滞留在第三方支付平台，这部分资金称为沉淀资金或者备付金，资金包括两方面：一是成交保证金，即交易成交后尚未交付给卖家的款项；二是客户账户余额。随着互联网第三方支付平台机构的迅猛发展，沉淀资金规模日益庞大，年累计金额超过一万亿元。由于第三方支付机构可以直接支配沉淀资金，沉淀资金的安全问题需要监管部门高度关注。 任何对沉淀资金的不规范处理都可能会引发金融风险。 若第三方支付机构挪用客户资金进行风险投资， 或进行非法转移和金融洗钱等活动，可能会给商家和消费者带来难以估量的损失。对沉淀资金实行有效监管已十分必要。
二、监管的依据
第三方支付平台并非金融机构，而是一个委托代收、代付的机构，对于平台与用户间的关系，我国目前还尚无特定法律，而是沿用《合同法》进行管理。 从电子支付监管角度看，截至 2010 年，我国涉及网上支付的法律法规有《中华人民共和国电子签名法》、《网上银行业务管理办法》、《电子银行业务管理办法》、《电子支付指引（第一号）》，但是这些法律主要针对的是金融机构的电子支付， 对作为非金融机构的第三方支付并未涉及， 并不是专门针对第三方支付的法律法规，对第三方支付的监管仍显空白。 2010 年 6 月 14 日颁布并于 2010 年 9 月 1 日开始实施的《非金融机构支付与服务管理办法》（以下简称《办法》）是对第三方支付平台法律空白的补充，《办法》 明确了中国人民银行的监管主体地位，提高了第三方支付平台的准入门槛儿，并在风险控制和监管策略等方面做出了规定。可以看出，我国第三方监管的法律框架初步搭建， 监管法律依据层次较低， 效力自然不大，并且有些规范性文件仍然处于征求意见状态，须进一步完善。
三、第三方支付平台沉淀资金监管存在的欠缺
（一）监管的滞后性
目前，第三方支付平台业务呈现出多元化发展的趋势，逐渐向更多的金融增值服务方向延生，包括收单、结算、信贷、供应链融资、代售基金等，涉及到小额信贷、生活缴费、信用卡还款、基金支付、商城购物等。 但是对第三方支付平台的监管与第三方支付的庞大规模和迅猛发展态势形成了强烈的不对称，主要表现为立法明显滞后于市场的发展，监管方式和手段的更新速度远跟不上日新月异的行业发展。
目前第三方支付业面临的突出问题和挑战有两方面： 一是风险问题， 包括自有资金和客户备付金安全、 客户信息安全，以及运行和业务系统的安全等；二是诸多的市场行为如反洗钱、防套现存在严重的监管缺失。
（二）对沉淀资金利息的监管存在法律盲点
《非金融机构支付服务管理办法 》中规定 :支付机构接受客户备付金的， 应当在商业银行开立备付金专用存款账户存放备付金。备付金不属于支付机构的自有财产。可以看出，《办法》 对由此而产生的利息归属及分配问题尚没有明确， 这种不确定性给第三方支付商合理处理和盘活沉淀资金带来了困难， 给监管部门依法监管带来了监管盲点。 目前，学术界大部分观点认为利息应当属于消费者，理由是利息是备付金的孽息，从权利上讲毫无疑问应该属于消费者。
另一种观点认为，第三方支付商为吸引消费者，采取降低甚至免除交易手续费的吸储方式， 利息应该转化为第三方的合法收入， 这反过来还可以为第三方支付平台的正常运转和发展提供资金支持。
（三）对沉淀资金的监管缺乏操作性
当第三方支付平台机构参与结算业务时， 原本由银行主导的交易过程被割裂成两个看起来毫无联系的交易：客户的支付指令不再通过商业银行， 而是由第三方支付平台掌握， 银行按照第三方支付平台的指令将资金由客户账户划入支付中介的账户并最终划入目标账户。 在整个结算过程中，即使交易过程发生在同一商业银行系统，商业银行也无法确定这两项交易的因果关系。 不法分子容易通过第三方支付平台进行洗钱、恐怖融资、贿赂、赌博、诈骗、信用卡套现、逃税漏税等非法活动，逃避银行系统的反洗钱监管。